Collective behavior drives diversification across the tree of ray-finned fishes
该研究利用机器学习方法分析了近 10% 现生辐鳍鱼类物种，发现集体运动行为具有高度的演化可塑性，与特定的生态压力相关，并显著促进了宏观演化层面的物种多样化。
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evolutionary biology
448 篇论文
Drosophila pseudoobscura third chromosome inversion arrangements have sex-specific effects on life history traits
该研究通过测量不同温度下果蝇第三染色体倒位基因型对寿命、发育时间和体重的影响，发现虽然基因型、性别和温度之间存在复杂的交互作用，但并未观察到支持性冲突或生活史权衡的明确相关性，表明历史冲突可能已解决或现有模型预测的权衡关系并不存在。
Evolutionary analysis of V protein pseudogenization in an RNA editing-deficient paramyxovirus
该研究通过分析人副流感病毒 1 型（HPIV-1）基因组序列，发现其 V 蛋白阅读框因缺乏 RNA 编辑而积累了大量提前终止密码子，表明该区域已发生特异性假基因化，而非受重叠阅读框通用编码约束的影响。
A single locus carrying modified oogenesis genes underlies the switch to asexuality in Artemia brine shrimp
该研究通过单核转录组和全基因组测序分析，将卤虫（Artemia）从有性生殖向孤雌生殖转变的遗传基础定位到 Z 染色体上一个 8 Mb 的区域，并鉴定出两个在卵子发生中起关键作用且存在表达与遗传差异的候选基因 ITPR 和 USP8。
Inference of population demographic history captures differing evolutionary signals based on the number of individuals in the dataset
该研究表明，基于位点频率谱的人口历史推断结果对样本量高度敏感，不同样本量会因主导的共祖分支长度不同而揭示出截然不同的进化信号（如古代收缩或近期扩张），因此通过分析多个样本量可更全面地揭示种群历史。
Interplay between purging and admixture shapes genetic load in an invasive guppy population
该研究揭示了在入侵的 Trinidadian 孔雀鱼种群中，清除作用与来自本地种群的基因渐渗（admixture）之间的复杂相互作用如何共同塑造遗传负荷：基因渐渗通过引入较少弱有害突变的个体降低了扩张前沿的弱有害突变负荷，但同时也引入了新的强有害突变，抵消了隔离位点的清除效应。
Ancient Ryukyu Jomon contributed to past and current genetic structure of Japanese populations
该研究通过对琉球群岛古今基因组的大规模测序分析，揭示了琉球绳文人与本州绳文人约 6900 年前分异、随后经历严重人口瓶颈，并于约 1000 年前与来自本州的历史移民发生混合，从而阐明了琉球人群独特的遗传结构及其对现代日本人群基因构成的贡献。
Disentangling site-specific and shared local adaptation in a classic system of repeated evolution
该研究通过扩展移植实验框架，发现湖溪三刺鱼中大部分适应性进化变异具有位点特异性而非栖息地共享性，表明仅依赖重复分化模式推断适应会严重低估局部适应的重要性。
Display functions of dinosaur proto-wings before powered flight
该研究通过计算机动画模拟与神经通路响应实验，证实了早期非飞行动物恐龙的原始飞羽在动力飞行演化之前，主要通过增强运动视觉信号来发挥展示功能，随后才被“预适应”用于空气动力学飞行。
Organism-Environment Topological Interfaces Drive the Origination of Organismal Form
该论文提出，生物体与环境之间的拓扑界面（如从球面演变为闭盘或闭圆柱）是驱动生物体形态起源、大小、复杂性及运动能力产生的核心机制，从而为解释生物形态的爆发式多样化提供了超越经典进化论框架的统一理论。
Septins regulate cytokinesis and multicellular development in the closest living relatives of animals
该研究利用 CRISPR/Cas9 技术在动物最近亲缘生物领鞭毛虫（*Salpingoeca rosetta*）中证实，Septins 蛋白不仅调控细胞分裂和细胞大小，还对其多细胞群体的发育与结构完整性至关重要，从而为理解细胞分裂调控如何促进动物多细胞性的起源提供了新视角。
WITHDRAWN: Modern humans dispersed from southern Africa?
该论文因作者发现 X 染色体多样性分析中错误地使用了 XY 个体的杂合度（而非 XX 个体）导致相关结论无效，故已正式撤回且不建议被引用。
Epistasis among clustered lineage-specific adaptive amino acid substitutions in the Drosophila Trio protein.
该研究通过果蝇 Trio 蛋白的实证分析，揭示了线粒体特异性适应性氨基酸替换之间存在空间聚集的分子内上位性相互作用，并发现这些有害的中间状态在杂合子中可被隐性掩盖，从而为理解二倍体多细胞生物中适应性进化的约束机制提供了罕见实证。
Recent horizontal transfer of transposable elements in Drosophila
本研究利用近 400 个双翅目基因组数据，揭示了果蝇中 648 起近期转座元件水平转移事件，发现尽管大多数转移发生在亲缘关系较近的物种之间，但某些转座元件（如 Gypsy 和 Mariner）具有跨越数千万年进化距离的长距离转移能力，且 DNA 转座子比 LTR 转座子倾向于跨越更远的系统发育距离，从而深化了对果蝇物种间水平转移动态的理解。
Genetic architecture of cichlid brain morphology
该研究利用来自马拉维湖的两种近缘丽鱼及其杂交后代，结合计算机视觉与基因组学技术，揭示了丽鱼脑形态的遗传架构主要由结构特异性的数量性状位点驱动，而非全脑范围的广泛效应，表明脑各组分具有相对独立的进化潜力，从而支持模块化演化假说。
Repeatability of adaptation in interacting species
该研究利用 NKC 模型模拟两物种共进化系统，发现种间上位性（intergenomic epistasis）会像种内上位性一样增强适应的可重复性，但其具体模式因物种间的适应度权衡而偏离预期，并可能导致循环进化及巨大的共进化适应度负荷。
Mount Fuji's stubby peak: the genotypic density of additive landscapes near maximal fitness
该研究通过推导鞍点近似，揭示了加性适应度景观（即“富士山”景观）在接近最大适应度时，其基因型密度并非高斯分布，而是遵循由最佳等位基因优势决定的幂律分布，表明此类景观的峰值实际上比传统认知更为“矮胖”。
Environment heterogeneity creates fast amplifiers of natural selection in graph-structured populations
该研究表明，在具有空间结构的种群中，环境异质性能够通过促进高迁出率区域的优势突变体快速扩散或作为避难所，显著放大自然选择并加速有益突变的固定。
Human ancestors interbred with two distinct populations of distant relatives
该研究通过分析衍生等位基因的分布，证实了人类祖先曾与两个在分化时间上存在显著差异的独立“超级古老人群”发生混血，揭示了更新世时期古人类种群中此前未被认知的复杂结构。
Genomic offsets predict observed kelp declines and suggest benefits of assisted migration in the Northeast Pacific
该研究通过海景观基因组学方法，利用全基因组数据验证了北美东北太平洋巨藻的基因组偏移与实地观测到的种群衰退之间的正相关性，并表明辅助迁移策略能有效缓解其未来对全球变化的脆弱性。