The lack of simplicity in sequence-fitness relationships
本文认为，可通过秩序方法和一种名为“带符号双锥体”的新指标检测到的局部高阶相互作用，调和了关于抗菌药物耐药性等进化过程中序列与适应度关系复杂性的相互矛盾的研究发现。
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evolutionary biology
257 篇论文
进化生物学探索生命如何随时间变化与适应，揭示从微小基因变异到复杂物种形成的奇妙旅程。在这里，我们关注生命之树的生长脉络，解读自然选择如何塑造地球上纷繁多样的生物形态。
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下方为您呈现近期在进化生物学领域发布的最新研究论文。
Genome-wide architecture of prolonged starvation adaptation in experimentally evolved Drosophila and comparative enrichment in human orthologs
通过对黑腹果蝇进行 60 代实验进化，本研究揭示，长期的饥饿适应涉及以线粒体通路和 TOR/S6K 信号为中心的大规模、平行的基因组重构，且这些被选择基因的人类直系同源物在自然种群中显示出分化变异的显著富集。
Parallel evolution of full-length genomes in a long-term evolution experiment with phage ΦX174
通过将高通量测序与针对噬菌体ΦX174 的长期进化实验相结合，研究人员发现独立种群频繁进化出平行的全长基因组，而不仅仅是单点突变，这种由选择而非中性过程驱动的模式会显著使标准的系统动力学迁移分析产生偏差。
First report of stop codon reassignment to tryptophan in members of the bacterial phylum Actinomycetota
本研究报道了细菌门放线菌门（Actinomycetota）中UGA终止密码子重分配为色氨酸的首次发现，具体位于埃格氏菌科（Eggerthellaceae）内，其中来自哺乳动物肠道共生菌的基因组证据揭示了与专性共生相关的两次独立进化事件，并提出了三个新属。
Experimental evolution to thermal stress indicates climate resilience in a cosmopolitan arthropod
通过实验进化与多组学分析，本研究证明小菜蛾通过协调的基因突变、表观遗传调控和代谢重编程快速适应截然不同的热环境，凸显了其对气候变化的重要韧性。
Getting a head: Evidence for a conserved anterior head patterning gene network in arthropods
本研究证明，涉及*hedgehog*、*orthodenticle*和*odd-paired*的保守基因网络调控着蜘蛛和昆虫的前部头部体节形成，表明尽管体节组成存在差异，该模式形成机制具有古老的进化起源。
Eco-evolutionary dynamics and environmental detoxification jointly shape bacterial community response to antibiotic perturbation
本研究证明，抗生素使用史通过耦合的生态进化与环境反馈重塑细菌群落响应，其中耐药性预适应通过进化获得的耐药性和环境解毒作用缓冲即时干扰，但最终强化了竞争优势，形成一种限制群落多样性与恢复的权衡。
Constitutive and inducible fibrosis explain immune variation among threespine stickleback populations
通过将野外免疫调查与共同花园实验相结合，本研究揭示了三刺鱼种群特异性的免疫变异是由可遗传的组成性纤维化和受环境影响的诱导性纤维化共同驱动的，从而将其对复殖吸虫（*Schistocephalus solidus*）的防御与湖泊富营养化的生态差异联系起来。
PhytClust: Efficient and Optimal Monophyletic Partitioning of Rooted Phylogenetic Trees
本文介绍了一种名为 PhytClust 的新型算法，它能够无需用户设定阈值，通过识别低离散度的单系群，在保证计算效率的同时，为大规模系统发育树提供最优且可重复的分类群聚类方案。
Centromeric variation is shared across ploidy barriers in Alnus glutinosa agg.
该研究通过对欧洲桤木属（*Alnus glutinosa*）自然种群的全基因组重测序分析，发现二倍体与四倍体之间存在跨越倍性障碍的基因组渗入，且这种共享变异主要集中在着丝粒区域，表明着丝粒驱动机制可能有助于打破由倍性差异引起的生殖隔离。